Nella Naturopatia Olistica, la salute è considerata come un equilibrio dinamico tra anima, energia e corpo, o tra struttura biologica, biochimica e psiche. La biostruttura è il substrato fisico alla base della fisiologia umana. Alterazioni a questo livello possono essere lesionali, di competenza medica, oppure funzionali. In questo secondo caso il Naturopata può intervenire con tecniche corporee dolci  e  non invasive come la kinesiologia e il trattamento craniosacrale.
La biochimica riguarda la nutrizione, la digestione, l'assorbimento, il metabolismo, l'eliminazione, il funzionamento del sistema immunitario, del sistema endocrino, di quello nervoso, comprendendo in pratica tutte le reazioni chimiche fisiologiche dell'organismo umano. Un disequilibrio a questo livello può essere corretto con un'alimentazione ed uno stile di vita sani, naturali e bilanciati, con nutrienti specifici, piante officinali e loro estratti. La Naturopatia Olistica utilizza le piante officinali tenendo conto anche delle loro proprietà energetiche, in accordo con la costituzione, la stagionalità, l'età e lo stato energetico personale.
La psiche comprende mente ed emozioni, o in altri termini il corpo astrale e quello mentale. Un disequilibrio a questo livello può influenzare la biochimica e la struttura, diminuendo le possibilità naturali di autoregolazione e autoguarigione.
La Naturopatia, per riequilibrare mente ed emozioni, utilizza diverse tecniche di riequilibrio naturale, come la floriterapia e le piante officinali, in base alle loro "proprietà spirituali" e alla loro azione energetica sugli organi correlati alle emozioni.